Nagi fait partie du Shinyo Institute. C'est une rebelle qui fait peur et dégoûte la plupart des filles de sa classe. Mais elles ne la côtoient pas souvent, vu son absentéisme important.
Elle est froide, forte mais juste, un personnage charismatique comme nous en offrent souvent les japonais.

Son père était un écrivain et un visionnaire reconnu, et ses travaux sur la mémoire faisaient référence. Ce sont d'ailleurs ses citations que l'on retrouve très souvent à l'ouverture d'un nouveau chapitre.

Depuis les meurtres “d'il y a cinq ans”, elle poursuit une quête en solitaire, celle d'essayer de saisir les événements curieux qu'elle décèle dans la ville : rouille prématurée des métaux, pousse anormale des plantes, etc. Et surtout, ce champ électromagnétique persistant, dont les oscillations sont à la base de la conscience de la Manticore ou de Boogiepop Phantom. Elle est surtout (même si ce n'est pas explicitement dit) en contre point de l'"Organisation", dont elle devine l'existence dans l'ombre.

C'est dans cette première recherche qu'elle tombe sur la Manticore, et que s'ensuivent les événements qui conduiront à l'annihilation du monstre (encore une fois évoqués de façon subliminale) puis à sa réapparition un mois plus tard.

L'épisode 8 est quasiment concentré sur notre héroïne. Un journaliste, Ichiro KISHIDA, l'accompagne en tant que témoin, et deuxième main pour l'explication des événements (ce qui paraît a priori une astuce narrative pour le spectateur, mais...)

Sa seule amie est SUEMA Kazuko qui fut aussi la cible du tueur il y a cinq ans, mais qui s'en est sortie de justesse.

Pour Nagi, l'histoire finit quand elle se confronte à la Manticore dans les souterrains et que Boogiepop annihile finalement le monstre. Elle lui explique aussi les éléments qui semblaient manquer à Nagi : les disparitions, pour la plupart, étaient bien l'oeuvre du shinigami, mais en réalité pour le bien des disparus, qui sont retenus pour l'instant dans un cocon, en attendant certainement que leur évolution soit prête à être acceptée. Quand ils ressortent, ils sont témoins d'un étrange manège (au sens propre) mais c'est encore un autre pan de l'histoire : "Qui y a t-il encore ? – Qui sait ? Ne nous inquiétons pas pour ça."
Elle y sera confrontée plus tard une fois encore, mais sans que ça ait une signification aussi forte que la résolution de sa quête, avec la mort apparente de la Manticore.