Le policier Morita, qui de prime abord nous est apparu comme un dangereux tueur en série, en démembrant sauvagement Misuzu, est en fait une sorte de "nettoyeur" agissant pour le compte d'une organisation secrète. Son nom de code est "Snake eyes", et la plupart des éléments le concernant se trouvent dans l'épisode 5. Épisode dont la construction est d'ailleurs des plus originales, s'attachant à une même scène encore et encore (cinq ou six fois au total) de Morita qui raconte des secrets à son collègue, et qui lui efface de la mémoire tout de suite après.

"Les rumeurs du net finissent toujours dans le néant"

L'"Organisation" est une institution dont le pouvoir serait suffisant pour dominer le monde mais qui se contente de le surveiller. Son essence est fortement réactionnaire, elle déteste le changement et veut à tout prix extirper toute trace d'évolution dans notre monde (du moins celle qu'elle ne peut directement contrôler).
Cependant un changement concernant ce qu'ils appellent "la graine" (l'espèce humaine) est survenue dernièrement. De façon statistique, sur 10 millions d'enfants, un rapport exponentiel d'entre eux devenait de plus en plus spécial. Et l'Organisation ne pouvant le tolérer, les fait éliminer.

Pour ce faire, ils ont créé des êtres synthétiques, dotés de facultés à la mesure de leurs cibles, qui infiltrent la société en prenant l'apparence d'une personne qu'ils ont dévorée. (On rencontrera un autre de ces êtres synthétiques : "Spooky electric")

C'est cette "Organisation" qui maintenait l'"écho" en son pouvoir, et qui l'a utilisé pour créer ses êtres artificiels. C'est elle qui détient la puissance technologique, et qui est la source de fuites diverses qui provoqueront d'autres événements.

Morita nous révèle aussi la fuite d'un individu imparfait il y a un mois (la Manticore).

Et finalement, dans cet épisode 5 d'une grande intensité, on comprend aussi que le shinigami porte en lui la volonté du changement : "tout comme la ville, les gens doivent bouger, ils doivent s'efforcer de changer". Il ne peut donc qu'être incompatible à cette organisation tout en ne s'y opposant pas directement. C'est un régulateur qui sait également trancher quand l'évolution devient incontrôlable.

"Snake eyes" montrera sa vraie forme (un humanoïde ophidien) et sera détruit par une de ses cibles dans l'épisode 7.

Cette organisation qui semble contrôler le monde dans l'ombre donne à la série Boogiepop Phantom un côté plus classique, plus accessible et qui n'est pas sans rappeler "Dark Angel", la série live. (Les mutants qu'il s'agit de détruire y contribuent fortement également). Néanmoins et encore une fois, ceux-là aussi ne peuvent apparaître que comme d'autres pions sur un échiquier, un élément parmi d'autres, malgré un supposé pouvoir terrifiant.